O regulamento peculiar do proporcionou uma situação curiosa nesta temporada, onde o São Bernardo, mesmo tendo uma das melhores campanhas na primeira fase, acabou ficando fora dos oito times classificados para as quartas de final.
Com os 16 participantes divididos em quatro grupos de quatro times, avançaram os dois melhores de cada chave. O São Bernardo terminou a primeira fase com 21 pontos, ficando em terceiro lugar no Grupo D, atrás de São Paulo e Novorizontino, ambos com 22 pontos.
A pontuação do São Bernardo teria sido suficiente para a classificação em outros grupos, destacando a diferença nos critérios de classificação. Por exemplo, a Portuguesa se classificou em segundo lugar no Grupo A com apenas 10 pontos, enquanto os dois times rebaixados daquele grupo, Santo André e Ituano, tinham menos pontos.
No Grupo B, a Ponte Preta garantiu a vaga na vice-liderança com 17 pontos, enquanto que no Grupo C, o São Bernardo teria passado como líder, já que obteve a mesma pontuação do Red Bull Bragantino, mas com um saldo de gols superior.
O São Bernardo fez a sua parte ao vencer o Mirassol por 2 a 0, mas viu suas chances de avançar às quartas de final desaparecerem aos 52 minutos do segundo tempo do jogo entre São Paulo e Ituano. Um pênalti convertido por Lucas, após análise no VAR, garantiu a vitória do Tricolor por 3 a 2, empurrando o São Bernardo para a terceira colocação do grupo.
Para avançar, o São Bernardo precisava vencer seu jogo e torcer para um empate entre São Paulo e Novorizontino. Entretanto, o Novorizontino também venceu sua partida contra a Portuguesa por 2 a 0. Com isso, o São Bernardo viu suas esperanças de classificação se dissiparem.
