Ainda em 2002, a defesa de Dirceu pediu o arquivamento da investigação sob a alegação de que um depoimento sobre o mesmo caso, prestado por um dos irmãos do ex-prefeito, João Francisco Daniel, fora arquivado pelo ministro do STF, Nelson Jobim.
Em 2006, uma decisão liminar (provisória) do ministro aposentado Eros Grau interrompeu o inquérito, sob o argumento de que não havia elementos suficientes para dar andamento à investigação. A fim de retomar as investigações, Fux alegou em seu despacho que “há novos indícios”, como um flagrante do ex-assessor de Dirceu, Waldomiro Diniz, recebendo mala com dinheiro do bicheiro Carlinhos Cachoeira.
Dirceu ainda, segundo o inquérito, recebeu quantias em dinheiro do ex-ministro Gilberto Carvalho, que teria participado do esquema criminoso em Santo André. Os desvios seriam destinados à época para financiamento da campanha presidencial de Luiz Inácio Lula da Silva.
